项目管理系统较传统管理方法的优势在于，项目全程都可实时监控，减少偏差。另外，项目执行过程中的责任明确到人，有据可循。最重要的一点在于，项目管理系统是一种管理方法，需要通过众多项目的开展来找到一个适合自身执行的管理方法，项目管理系统能够总结项目方法，统计项目数据，为管理积累重要数据，逐渐形成一套完备的管理方法。

项目管理系统都是为了帮助企业提升管理的，项目管理系统对企业的好处有很多，如人力资源，项目风险，资金投入，时间，成本，质量等等，比如伟创软件定制的项目管理系统，它是一个集成信息化的管理系统，同时也是以项目管理为核心的，这家公司对项目管理的观点是将企业中的市场营销、销售过程、产品研发、生产运营、质量管理、客户服务等都可纳入项目管理轨道。通过项目管理系统，可全面管理公司业务，加强跨部门沟通协作，有效配置和共享资源，减少计划拖延和降低运营成本。