项目管理系统的一个主要优点是可以完整保存所有记录和相关资料。一个项目可能有上万份文件，包括合同、证书、会议纪要等等，大量文件就算仔细保管也可能出现丢失的情况。而把文件保存在项目管理系统里就不会出现这类问题，只要知道合同大概的标题，一秒钟就能搜出来。

数据分析是项目管理系统的高级功能，也是一个显著的优势。数据分析使企业能够了解预测项目中可能出现的问题等，企业也可以在项目管理系统上设置不同的方式，然后进行分析。仍然像以前一样费时费力的进行假设分析，其效果远不如利用项目管理系统理想。

任何项目都存在风险，所有阶段都可能出现意外情况。意外情况和风险影响任务的工期、进度、期限、预算、参与者等，因此为了避免意外支出、项目占用时间过长、绩效下降，管理者可以通过项目管理系统预先计算所有风险。

使用项目管理系统后，可以自动传递各个环节的工作内容，快速传递和沟通项目内部工作。同时方便管理者合理控制各个环节。无论市场、技术、财务、人力等方面，通过项目管理系统管理者都可以实时监控，合理控制人力和资源，帮助管理者高效地管理和控制项目。

工程项目管理系统收集网络系统上的所有企业资源信息，包括各种资源的使用情况和成本。项目管理系统帮助项目经理实时了解项目人力资源和设备资源的忙闲状态，及时为项目任务分配闲置人员或设备，及时充分利用企业人力资源和设备资源，提高企业生产力。