工程项目管理系统拥有项目合同管理、项目进度管理等功能模块，非常具有行业针对性，也更能贴合企业的管理需求，同时也是那些通用型的大而全的项目管理系统并不适合工程行业的原因之一。

工程项目管理系统拥有严格的数据录入规则，工程行业的数据量是非常巨大的，如果企业在数据录入前未建立明确的数据录入和检查规则，一旦发生错误将很难进行检查和更正，可通过在工程项目管理系统中设置一些能检查数据有效性的功能来避免此类问题的出现。

数据实时同步是项目管理系统的一大特色，但工程项目管理系统却是其中例外的一个。由于工程行业施工中的不确定性和突发性，很多数据不能立即存储进工程项目管理系统中，而是等施工结束还在进行录入，因此其他用户得到数据的时间有一定的滞后性。

出外勤是从事工程项目管理人员的工作常态，一款项目管理系统不管功能如何强大，如果不能在移动端使用那么它都是不实用的。项目管理系统供应商也考虑到了这一问题，因此大部分工程项目管理系统都是同时支持在PC和移动等多种终端上进行操作的。

工程项目管理系统具备高度的自动化，工程项目管理中的成本预算和控制以及进度控制等都涉及到大量的计算，传统管理模式是通过人工计算和核对的，而将数据导入系统后工程项目管理系统能根据程序设置自动计算结果，大大提升了工作效率和数据的准确性。